Kolumbus errichtete eine provisorische Siedlung an der Nordküste, in der Nähe der heutigen Stadt Cap Haïtien, die er La Navidad nannte (wegen des 25. Dezember). Er nutzte die Überreste der Karavelle Santa María, die auf ein Korallenriff aufgelaufen und gekentert war.
Das Land war fruchtbar, aber von größerer Bedeutung für die Spanier war die Entdeckung von Gold, das durch Tauschhandel mit den Einheimischen, die sich mit Schmuck schmückten, oder durch den Abbau aus den alluvialen Ablagerungen der Insel gewonnen werden konnte.
Die Taínos nannten die Insel auf verschiedene Weisen, am häufigsten jedoch Ayti oder Hayti (gebirgiges Land). Obwohl sie zunächst freundlich gegenüber den Spaniern waren, reagierten diese Einheimischen gewalttätig auf die Intoleranz und Missbräuche der Neuankömmlinge. Als Kolumbus 1493 auf seiner zweiten Reise nach Hispaniola zurückkehrte, fand er La Navidad zerstört und seine Bewohner ermordet vor. Aber das Interesse der Alten Welt an der Expansion und ihrer Kreuzung zur Verbreitung des Katholizismus war nicht leicht zu stoppen; Kolumbus gründete eine zweite Siedlung, La Isabela, weiter östlich.
Nach mehreren Versuchen, Kolonien an der Nordküste von Hispaniola zu gründen, wurde schließlich die erste dauerhafte Siedlung in der Neuen Welt gegründet: Santo Domingo, an der Südküste. Unter spanischer Souveränität trug die ganze Insel den Namen Santo Domingo. Die Anzeichen von Goldvorkommen —das Lebensblut des aufkommenden merkantilistischen Systems— und eine behandlungsfähige einheimische Bevölkerung, die als Arbeitskräfte genutzt werden konnte, zogen in den ersten Jahren viele Spanier an. Die meisten von ihnen waren einfache Abenteurer, die zumindest anfänglich mehr daran interessiert waren, schnell Reichtum zu erwerben, als sich auf dem Land niederzulassen. Von Anfang an verschlechterten sich die Beziehungen zu den Indianern, die grausam behandelt wurden. Angespornt durch Nahrungsmittelbeschlagnahmungen und andere Erpressungen sowie Misshandlungen ihrer Frauen, rebellierten die Indianer, wurden aber 1495 endgültig besiegt.
Santo Domingo wurde der erste Außenposten des Spanischen Imperiums. Die anfänglichen Erwartungen an reichlich vorhandene und leicht zugängliche Goldreserven erwiesen sich als unbegründet; dennoch wurde die Insel als Sitz der Kolonialverwaltung, als Ausgangspunkt für die Eroberung anderer Länder und als Labor für die Entwicklung von Regierungsrichtlinien für die neuen Besitztümer wichtig. In Santo Domingo führten die Spanier das System des Repartimiento ein, bei dem die Peninsulares (in Spanien geborene Personen, die in der Neuen Welt lebten) große Landzuteilungen und das Recht erhielten, die dort ansässigen Indianer als Arbeitskräfte zu nutzen.
Kolumbus, der die Kolonie bis 1499 regierte, versuchte, die schwerwiegendsten Missbräuche an den Indianern einzudämmen, indem er Expeditionen gegen sie verbot und die informellen Steuern regulierte, die von den Kolonisten erhoben wurden. Aufgrund der Einschränkungen durch diese milderen Ausbeutungsformen begannen die Kolonisten, sich aktiv gegen Kolumbus zu wehren. Wegen ihrer Forderungen entwickelte Kolumbus das Repartimiento-System zur Verteilung von Land und Indianern; unter diesem System wurde den Kolonisten auf unbestimmte Zeit ein großes Stück Land zusammen mit den Diensten der dort lebenden Indianer gewährt. Das Repartimiento-System verbesserte die Situation der Indianer nicht, und die spanische Krone änderte es 1503 durch die Einführung des Encomienda-Systems.
Kolumbus und sein Bruder Bartolomé fielen bei den meisten Kolonisten in Ungnade, sowohl aus Neid und Gier als auch wegen ihrer Unfähigkeit, Ordnung zu halten. Schon vor 1500 demonstrierten die Grundbesitzer ihre Macht, indem sie erfolgreich gegen Kolumbus konspirierten. Sein Nachfolger, Francisco de Bobadilla, wurde 1499 von der spanischen Krone zum obersten Richter und königlichen Kommissar ernannt. Bobadilla ließ Kolumbus inhaftieren und nach Spanien schicken, aber Königin Isabella ordnete bald seine Freilassung an. Bobadilla erwies sich als unfähiger Verwalter und wurde 1503 durch den effizienteren Nicolás de Ovando ersetzt, der die Ämter des Gouverneurs und obersten Richters übernahm. Ovando legte die Grundlagen für die Entwicklung der Insel. Während seiner Amtszeit wurde das Repartimiento-System durch das Encomienda-System ersetzt. Aufgrund seiner Erfolge bei der Einleitung der von der Krone gewünschten Reformen, darunter das Encomienda-System, erhielt Ovando den Titel „Gründer des Spanischen Imperiums in den Indischen“.
Unter dem Encomienda-System wurden alle Ländereien theoretisch zum Eigentum der Krone, und die Indianer galten als Pächter auf königlichen Ländereien. Das Recht der Krone, die Dienste der Pächter zu nutzen, konnte durch eine formelle Zuteilung und die regelmäßige Zahlung eines Tributs an spanische Kolonisten (Encomenderos) übertragen werden. Die Encomenderos waren berechtigt, bestimmte Arbeitstage von den Indianern zu verlangen, und wurden ihre Hüter. Die Encomenderos übernahmen somit die Verantwortung für das körperliche Wohlergehen der Indianer und ihre Unterweisung im Christentum. Eine Encomienda umfasste theoretisch keinen Landbesitz; in der Praxis wurde der Besitz jedoch auf andere Weise erlangt.
Die harte Arbeit, die von den Indianern verlangt wurde, und die Entbehrungen, die sie erlitten, zeigten die künstliche Natur des Encomienda-Systems, das tatsächlich unter einem Ehrensystem operierte, da es an Bemühungen der spanischen Behörden fehlte.
Die Taíno-Bevölkerung von Santo Domingo erging es unter der kolonialen Herrschaft sehr schlecht. Die genaue Größe der indigenen Bevölkerung der Insel im Jahr 1492 wurde nie bestimmt, aber zeitgenössische Beobachter schätzten sie auf mehrere Tausend bis mehrere Millionen. Der Vater Bartolomé de Las Casas schätzte sie auf 3 Millionen, was sicherlich übertrieben ist. In jedem Fall gab es Hunderttausende von Ureinwohnern auf der Insel.
Zwangsarbeit, Misshandlungen, Krankheiten, gegen die die Indianer keine Immunität hatten, und das Wachstum der Mestizenbevölkerung trugen alle zur Auslöschung der Taíno und ihrer Kultur bei. Bis 1548 war die Taíno-Bevölkerung auf etwa 500 Personen reduziert, und 1550 lebten nur noch 150 Indianer auf der Insel. Die Folgen davon waren tiefgreifend. Der Bedarf an neuen Arbeitskräften für den wachsenden Zuckerrohranbau zwang ab 1503 zur Einfuhr afrikanischer Sklaven. Bereits 1520 wurden nur noch die Arbeitskräfte afrikanischer Sklaven genutzt.
Bereits mehrere Jahre vor dem Verschwinden der Taínos hatte Santo Domingo seine Position als wichtigste spanische Kolonie in der Neuen Welt verloren. Ihr Mangel an mineralischem Reichtum verurteilte sie zur Vernachlässigung durch das Mutterland, insbesondere nach der Eroberung Neuspaniens (Mexiko). 1535 wurde das Vizekönigreich Neuspanien, das Mexiko und den Isthmus von Zentralamerika umfasste, in Santo Domingo aufgenommen, dessen Bedeutung nach der Eroberung des reichen Inka-Reiches in Peru weiter abnahm. Die Landwirtschaft wurde zur Hauptaktivität der Inselwirtschaft, aber die unorganisierte Natur der landwirtschaftlichen Produktion erreichte nicht die Produktivitätsniveaus, die die Kolonie unter französischer Herrschaft charakterisieren würden.
Die ersten bedingungslosen Landzuteilungen unter dem Repartimiento-System führten zu einer raschen Dezentralisierung der Macht. Jeder Grundbesitzer hatte eine nahezu souveräne Autorität. Die Macht war diffus aufgrund der Tendenz der Hauptstadt Santo Domingo (die auch Sitz der Regierung aller spanischen Indien war), sich auf das amerikanische Festland zu konzentrieren, das der Krone Gold lieferte, und auf Spanien, das Verwalter, Versorgungsgüter und Einwanderer für die Kolonien bereitstellte. Die lokale Regierung war aufgrund des geringen Kontakts zwischen der Hauptstadt und dem Landesinneren ineffizient; praktisch fiel das Land unter die Herrschaft der großen Grundbesitzer. Während der gesamten Geschichte der Dominikanischen Republik war diese soziopolitische Ordnung ein wichtiger Faktor für die Entwicklung einiger charakteristischer Merkmale der dominikanischen Politik und Gesellschaft, darunter die Zentralität der Hauptstadt, der persönliche Charakter der politischen Macht, die Unterstützung der Macht durch Landbesitz und die fehlende Entwicklung der Provinzen.
Die Einnahmen aus der Landwirtschaft führten zu einem begrenzten Wachstum der Siedlungen im Landesinneren. Die meisten der von den Spaniern gegründeten Städte bestehen bis heute, und die Standorte anderer Städte, die in der Kolonialzeit existierten, sind bekannt. Die meisten dieser Städte konzentrieren sich im Cibao-Tal und in den Östlichen Ebenen, den fruchtbarsten Gebieten der Insel. Die Stadt und der Hafen von Santo Domingo dominierten das koloniale Leben, indem sie den spanischen Einfluss auf die Insel lenkten und die Ausgangspunkte für Expeditionen zu neuen Eroberungen wurden.
Während des 16. Jahrhunderts ließen die wirtschaftlichen Aktivitäten auf Santo Domingo nach, aber die Kolonie war von einer Reihe von Ereignissen betroffen, die ihre Zukunft beeinflussten. Die Spanier entdeckten Gold in Mexiko und Peru und reduzierten daher ihre Investitionen auf Santo Domingo. Die Kolonie war auch der Zielort für viele Piratenexpeditionen und das Opfer eines verheerenden Angriffs des britischen Freibeuters Sir Francis Drake im Jahr 1586. Die letzten Jahrzehnte des Jahrhunderts wurden auch durch Versuche der Engländer, Franzosen und Niederländer gekennzeichnet, in die Insel oder ihre Umgebung einzudringen.
In den 1560er Jahren befahl die spanische Krone eine Zwangsumsiedlung der Bewohner des westlichen Endes von Santo Domingo in das Gebiet um Santo Domingo, um die Nachschub- und Unterstützungsbemühungen der verschiedenen ausländischen Freibeuter, die versuchten, sich in der Region niederzulassen, zu vereiteln. Diese Maßnahme machte den Westen der Insel für den Angriff ausländischer Mächte anfällig. 1592 gründeten die Franzosen eine Siedlung auf der Île de la Tortue, einer Insel vor der Nordwestküste von Hispaniola, die ihre Basis für die Expansion auf das westliche Ende der Insel wurde. Diese Expansion, die im frühen 17. Jahrhundert begann, führte schließlich zur Gründung der französischen Kolonie Saint Domingue (das heutige Haiti).
